Desmond wstępuje w szeregi Asasynów. Wraz z nimi rozpoczyna poszukiwania tajemniczego artefaktu, posiadającego przerażające moce. Aby go odnaleźć, przeżywa na nowo życie swojego rzymskiego przodka, Aquilusa.
Śledzony przez Templariuszy, musi znaleźć zdrajcę w swojej własnej grupie. By to zrobić, Desmond ponownie zanurza się w przeszłości. Stawka jest wyższa, niż może sobie wyobrazić.
Postaci ze słynnej gry komputerowej Assassin’s Creed zyskują nowe życie w komiksie. Scenarzysta Eric Corbeyran (Pieśń Strzyg, XIII Mystery) i rysownik Djillali Defali (Uchronies) wciągają nas w pasjonującą przygodę, przekraczającą granice czasu i nauki – przygodę całkowicie nową, która zaskoczy zarówno miłośników gier, jak i innych czytelników.
Chociaż całość serii nawiązuje do fabuły gry, to w Assassin's Creed: Aquilus pojawia się całkiem nowy wątek. Jest nim historia Aquilusa, Rzymianina który walczył z Templariuszami jeszcze długo przed tym gdy zaczęto ich tak nazywać.